蛋白结构预测几种方法

2016-02-17 绿谷生物 绿谷生物网
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PHD PHD是根据多重序列比对预测1D结构(二级结构,可溶性)的程序。

PHDsec PHDacc PHDhtm 分别是根据多重序列比对预测二级结构(PHDsec),每个残基的可溶性(PHDacc),跨膜螺旋的位置和拓扑学结构(PHDhtm)的方法。

PROF PROF是对PHD的改进,使用基于profile的神经网络算法预测蛋白结构。

PROFsec PROFacc 分别是对PHDsec和PHDacc改进,使用基于profile的神经网络算法预测蛋白二级结构和残基可溶性。

GLOBE GLOBE对蛋白质的球状区域进行预测。

TOPITS TOPITS是一个基于预测的线索化程序,在DSSP数据库中查找远源同源序列。

AGAPE AGAPE是一个基于预测的折叠识别程序,在PDB数据库中查找远源同源序列。

http://www.predictprotein.org

COILS COILS 用于寻找蛋白中的卷曲螺旋。

DISULFIND DISULFIND预测二硫键。

http://cassandra.dsi.unifi.it/cysteines/index.html

ASP ASP预测结构转化区。

Sandia National Lab

PROFcon PROFcon预测单链中残基对之间的联系。