新冠病毒已进化出两个亚型!

2020-03-05 绿谷生物 中国科学报
浏览

中国科学院上海巴斯德研究所和北京大学等机构的研究人员,合作分析了新冠病毒的起源与持续演化。研究发现,虽然基因组分析表明,新冠病毒最接近云南中菊头蝠携带的 RaTG13,但它们在中性位点上的差异远高于此前的认识,而且新冠病毒已分化出了两个亚型。相关论文 3 月 3 日刊登于《国家科学评论》。

研究人员调查了新冠病毒和其他相关冠状病毒的分子差异程度。结果发现,虽然新冠病毒和蝙蝠 SARS 相关冠状病毒(RaTG13)之间的基因组核苷酸只有 4% 的变异,但两者中性位点的差异为 17%。这表明这两种病毒之间的差异比之前估计的要大得多。

该研究结果表明,新冠病毒和穿山甲 SARS 冠状病毒的突刺蛋白受体结合域功能位点之所以出现新变异,除了重组外,还可能是由突变和自然选择引起的。

研究人员还对 103 个新冠病毒基因组进行了群体遗传分析。研究人员发现这些病毒株已发生了 149 个突变点,而且大多数衍生突变是单基因突变。这表明它们要么是最近发生的,要么是种群增长的结果。

此外,新冠病毒可能已经进化出了两种主要亚型——L 亚型和 S 亚型。这两种类型由两个不同的单核苷酸多态性(SNP)明确定义。这表明到目前为止已测序的病毒株之间几乎都有联系。

虽然 L 亚型(占比约 70%)比 S 亚型(约 30%)更普遍,但研究人员发现 S 亚型是原始版本。虽然 L 亚型在武汉新冠肺炎暴发的早期阶段更为流行,但在 2020 年 1 月初之后,L 亚型的出现频率有所下降。

研究人员猜测,人类的干预可能对 L 亚型施加了更严重的选择压力,因为 L 亚型可能更具侵略性、传播速度更快。另一方面,S 亚型的进化时间更长、攻击性更弱,可能由于受到的选择压力相对较弱而增加了相对出现频率。

相关论文:https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa036