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微生物学重大创新技术:混合培养

Update:2017-12-05From:热心肠先生说 Hot:
  

 


TM:微生物混合培养前景可期(综述)
Trends in Microbiology[IF:11.020]
① 自微生物学建立以来一直受到单纯培养的限制,而混合培养模式的出现为了解微生物开辟了另一条途径,也对微生物生态、共生、病理等领域产生了深刻影响;② 而从纯培养到混合培养的转变主要依赖于三项技术的进步:微流体技术,下一代3D生物打印,单细胞代谢组学;③ 这些技术的进步有望在未来实现涉及三种及以上微生物的系统性大规模共生培养研究;④ 相关最新技术包括:传统培养法、微流控技术、基于微滴的封装技术、不同的chamber等。
From Axenic to Mixed Cultures: Technological Advances Accelerating a Paradigm Shift in Microbiology
2017-11-27  DOI: 10.1016/j.tim.2017.11.004




NPJBM:结直肠癌组织中的生物被膜及菌群特征
NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:N/A]
① 对来自马来西亚的一组结直肠癌(CRC)患者进行16S rRNA基因扩增子测序和生物被膜定量分析,并对另11个数据库中CRC患者的粪便和结直肠组织菌群的公开数据进行了高分辨率的荟萃分析;② 结果证实CRC组织富集了侵袭性生物被膜(尤其是右侧肿瘤)、1种具有致肿瘤发生能力的共生体(脆弱拟杆菌)和口腔致病菌(包括具核梭杆菌、消化链球菌、 Parvimonas micra);③ 来自人口腔菌群的物种在CRC组织中高度富集。
High-resolution bacterial 16S rRNA gene profile meta-analysis and biofilm status reveal common colorectal cancer consortia
2017-11-29  DOI: 10.1038/s41522-017-0040-3
 


NPJBM:与抗结直肠癌药物代谢相关的肠道菌群特征
NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:N/A]
① 肠道内的细菌β-葡萄糖醛酸酶(BG)可再活化排泄至肠道的无活性的伊立替康的代谢产物(SN-38G);② 收集20例健康志愿者的粪便样本进行分析,未发现与代谢型相关的菌群特征;③ 转换率高的菌群代谢型,明显增加伊立替康依赖性不良反应的风险,该型与某些细菌(包括柔嫩梭菌群、拟杆菌属物种、未培养的梭菌属物种)的BG相关,④ 在目标人群中抑制BG可减少伊立替康依赖性不良反应;⑤ 宏基因组联合代谢组学,有助于研发分析CRC疗效的生物标志物。
Human microbiome signatures of differential colorectal cancer drug metabolism
2017-11-01  DOI: 10.1038/s41522-017-0034-1



ACSID:肠道菌群如何代谢抗肿瘤药物阿霉素
ACS Infectious Diseases[IF:3.600]
① 筛选分析肠道菌群分离株使抗肿瘤药物阿霉素失活的能力;② 鉴定出Raoultella planticola在厌氧条件下是潜在的使药物失活的菌株;③ R. planticola可使阿霉素去糖基化,生成代谢产物7-脱氧阿霉素醇及7-脱氧doxorubicinolone;④ 厌氧条件下,阿霉素还可被肺炎克雷伯菌及大肠杆菌BW25113降解,降解过程需要钼喋呤依赖性酶的参与;⑤ R. planticola对阿霉素的去糖基化可降低药物对秀丽隐杆线虫的毒性。
Transformation of the anticancer drug doxorubicin in the human gut microbiome
2017-11-21  DOI: 10.1021/acsinfecdis.7b00166



COP:测序用于儿科感染诊断(综述)
Current Opinion in Pediatrics[IF:2.234]
① 用宏基因组学检测病原体时,无需预判病原体范围,也不存在靶向测序法中的偏倚性;② 近年来,宏基因组学方法已开始被用于诊断感染、鉴定抗性基因、调查疾病爆发和防控传染病;③ 宏基因组学方法的耗时和成本在不断降低,在儿科临床感染诊断等领域里有很好的应用前景,如检测中枢神经系统中的病毒感染、检测新型病原体感染等;④ 存在的局限包括:人体DNA的污染、生信分析的难度、缺乏标准流程、鉴定出病原体的遗传物质不等同于感染,等等。
Metagenomics in pediatrics: using a shotgun approach to diagnose infections
2017-11-17  DOI: 10.1097/MOP.0000000000000577
 


SR:可靠的代谢综合征小鼠模型
Scientific Reports[IF:4.259]
① TSOD小鼠可自发性发生肥胖和肥胖相关的综合征;② 相比同龄正常小鼠,24周龄的TSOD小鼠的革兰氏阳性菌增加,革兰氏阴性菌减少;③ 拟杆菌门相对丰度降低,厚壁菌门相对丰度增加,且9个菌属发生了变化;④ 血浆总短链脂肪酸(SCFA)含量显著低于正常鼠,乙酸含量降低,丙酸和丁酸含量增加,且不含戊酸和己酸等少数SCFA;⑤ TSOD小鼠因肠道菌群失调继而破坏血浆SCFA组成,是研究肠道菌群失调、SCFA和代谢综合征的有用模型。
Analysis of the gut microbiome and plasma short-chain fatty acid profiles in a spontaneous mouse model of metabolic syndrome
2017-11-20  DOI: 10.1038/s41598-017-16189-5
 


Science:亚硝酸盐氧化细菌在深海碳固定中的作用
Science[IF:37.205]
① 采用16S rRNA基因PCR,筛选了39份深海氧合水团样本和2份海岸系统季节性氧样本中的细菌和古菌的3463个单扩增基因组(SAG);② 单细胞基因组学和群落宏基因组学提示,海洋中Nitrospinae菌门是丰度最高、全球分布最广泛的亚硝酸盐氧化细菌(NOB);③ 宏蛋白质组和宏转录组学分析提示亚硝酸盐氧化是Nitrospinae菌门的最主要产能途径;④ Nitrospinae菌门固定了北大西洋西部中远海15-45%的无机碳。
Major role of nitrite-oxidizing bacteria in dark ocean carbon fixation
2017-11-24  DOI: 10.1126/science.aan8260
 


FM:与远古火星有相似点的地球高硫酸盐环境存微生物
Frontiers in Microbiology[IF:4.076]
① 生物可在高渗透压、高盐低水环境中生存,火星上硫酸盐广泛沉积,可见远古的火星正是盐水遍布的极端环境;② 利用加拿大的斑点湖(高硫酸盐水平)模仿远古火星进行实验,通过宏基因组测序获得沉积物中微生物结构的表征;③ 鉴定出包含厚壁菌门、拟杆菌门等在内的多样性细菌菌落,大量未知细菌及少量古菌,几乎没有DNA病毒;④ 高盐、高矿化的环境并不能阻挡微生物生存,相反,有助于有机材料和生物标志物的保留。
Microbial Diversity in a Hypersaline Sulfate Lake: A Terrestrial Analog of Ancient Mars
2017-09-26  DOI: 10.3389/fmicb.2017.01819
混合培养 微生物学 创新技术
相关参考
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